Pemerintah DKI Jakarta memanfaatkan Gedung Kebangkitan Nasional untuk kegiatan permuseuman, perkantoran, dan tempat pembinaan serta penanaman karakter dan jati diri pemuda. Lembaga atau yayasan yang dinilai bisa memberikan kontribusi pada kegiatan pengembangan Gedung Kebangkitan Nasional diberikan ruang kantor untuk menjalankan aktifitasnya.
Pada 27 September 1982 pemerintah DKI Jakarta menyerahkan pengelolaan Gedung Kebangkitan Nasional kepada pemerintah pusat, karena menjadi tempat terjadinya peristiwa-peristiwa sejarah penting dan memiliki pengaruh besar dalam Sejarah Nasional Indonesia. Pada tanggal 12 Desember 1983 pemerintah melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan mengeluarkan Surat Keputusan No.0578/U/1983 tentang Penetapan Bangunan Bersejarah Gedung Kebangkitan Nasiona Sebagai Cagar Budaya.
Pada 17 Februari 1984 pemerintah melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan mengeluarkan Surat Keputusan No. 030/0/1984 tentang Organisasi dan Tata Kerja Museum Kebangkitan Nasional. Berdasarkan surat keputusan tersebut maka semua kegiatan yang dilaksanakan dalam Gedung Kebangkitan Nasional harus dikoordinasikan dengan kepala museum.
Tanggal 13 Desember 2001 terjadi transisi dalam bidang kebudayaan dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan menjadi Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata. Perubahan tersebut diperkuat dengan keluarnya Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor P.32/OT.001/MKP-2006 yang menempatkan Museum Kebangkitan Nasional sebagai Unit Pelaksana Teknis pada Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata.
Tahun 2012 Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia mengeluarkan peraturan Nomor 49 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Museum Kebangkitan Nasional. Berdasarkan peraturan ini Museum Kebangkitan Nasional menjadi Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang bertugas untuk melaksanakan kegiatan pengumpulan, registrasi, perawatan, pengamanan, penyajian, publikasi dan fasilitas di bidang sejarah kebangkitan nasional. Sesuai dengan tugas yang harus dijalaninya Museum Kebangkitan Nasional menyelenggarakan fungsi:
- Pengkajian benda bernilai sejarah kebangkitan nasional.
- Pengumpulan benda bernilai sejarah kebangkitan nasional.
- Pelaksanaan registrasi dan dokumentasi benda bernilai sejarah kebangkitan nasional.
- Perawatan benda bernilai sejarah kebangkitan nasional.
- Pelaksanaan pengamanan benda bernilai sejarah kebangkitan nasional.
- Pelaksanaan penyajian dan publikasi benda berniai sejarah kebangkitan nasional.
- Pelaksanaan layanan edukasi di bidang benda bernilai sejarah kebangkitan nasional.
- Pelaksanaan kemitraan di bidang sejarah kebangkitan nasional.
- Memberikan fasilitas pengkajian, pengumpulan, perawatan, pengamanan,penyajian dan layanan edukasi di bidang benda bernilai sejarah kebangkitan nasional. Pelaksanaan pengelolaan perpustakaan Museum Kebangkitan Nasional.
- Pelaksanaan urusan ketatausahaan Museum Kebangkitan Nasional.